При удалении письма из amoCRM письмо не удаляется с сервера почты. Данные письма будут попадать в папку "Удаленные".
Удаляя письма с сервера почты, оно останется в amoCRM (при условии, что оно уже попало в систему до удаления).
Но если письма содержат прикрепленный файл, то если письмо будет удалено на почтовом сервере, то файл будет более не доступен.
Письма в папке "Удаленные":
